Растения черноплодного боярышника с крупными плодами, собранные в Судаке, были выделены Х.Х. Стевеном в самостоятельный вид – C. atrofusca. Впервые комбинация C. atrofusca Stev. опубликована в трудах Р.Ф. Гогенакера (Hohenacker, 1838) и Г.С. Карелина (Karelin, 1839) без должного описания (nom. nudum.). Действительно обнародовал название данного вида C. Koch в 1862 году, сделав описание растений по гербарным образцам Стевена из Крыма, причислив его к роду Mespilus L., как и многие другие виды боярышников, в связи с чем комбинация Crataegus atrofusca C. Koch, приведенная Валентиной Косых в Определителе высших растений Крыма (1972), является неверной.
Впервые правильная комбинация для боярышника темнобурого предложена Т.А. Касумовой в 76 томе Ботанического журнала в 1991 году — Crataegus atrofusca (С. Koch) Kassumova.
Считается, что C. atrofusca происходит от гибридизации C. pentagyna с другим видом (возможно C. monogyna s.str.), в то же время, ряд авторов объединяет его с C. pentagyna. C. atrofusca весьма нечетко отличается от боярышника пятипестичного, основными отличиями C. atrofusca от C. pentagyna являются более крупные у него плоды (до 12 мм в диаметре) с хорошо развитой мякотью и приподнято-отогнутыми чашелистиками, а также отсутствие опушения на листьях (за исключением пушка в углах жилок) и более слабое опушение соцветий и гипантия, вплоть до голых.

Ar. geogr. Кавказ, Малая Азия.