Весенний эфемероид, высотой 10 – 20 см. Цветки одиночные или по два, имеющие подземную и надземную части. Цветоножка и часть цветочной трубки, заключающая завязь находятся ниже уровня почвы, а в надземной части находится вторая половина цветочной трубки, окруженная пленчатыми прицветными влагалищами. Отгиб околоцветника 2,2 – 3,5 мм длиной, в зеве желто-оранжевый, доли его от желтовато-белых до почти совсем фиолетовых. Наружные доли снаружи с темно-фиолетовыми полосами. Тычинки в числе трех, желтые, пыльники разной длинны, от 0,7 до 1,3 мм. Столбик глубоко раздельный, рыльца цельные, оранжевые.

Листья голые, в количестве 3 – 5, развиваются одновременно с цветами, узкие, плотные, линейные, шириной около 2 мм, с белой полосой (воздушная полость). По краям и по килям средней жилки листья могут нести сосочковидные реснички до 0,1 мм длиной. Клубнелуковица прижато-шаровидная с тонко-кожистыми оболочками. У основания клубня оболочка дисковидная, обламывающаяся несколькими кольцами, которые снабжены по краю крепкими реснитчатыми зубцами.

Цветет с февраля по май, массовое цветение наблюдается в апреле. Произрастает на открытых каменистых склонах, лесных полянах, лугах. Встречается от Севастополя до Керченского полуострова, повсеместно на яйле.

Вид описал Ph. Miller, по культурным экземплярам. Произрастающие в Крыму растения E. R. von Trautvetter отнес к этому виду как разновидность: Crocus biflorus var. tauricus Trautv.. Однако, Н. И. Пуринг, по собственным сборам, а также при изучении гербарных материалов, выделил крымские растения в самостоятельный вид: Crocus tauricus (Trautv.) Puring. Следует отметить, что ряд авторов продолжали считать эти растения Шафраном двухцветковым. Так, Н. Буш, описывая флористическое разнообразие полуострова, приводит именно Crocus biflorus Miller (Геоботанический обзор Европейской России и Кавказа, 1936). В целом, отличия Шафрана крымского и двухцветкового можно свести к более выдающимся полоскам на долях околоцветника, а также разной окраски долей и зева у последнего вида (Флора Европейской части СССР, 1979). В свою очередь, крымские растения сильно вариабельны по признаку окраски, например, зев околоцветника может быть от светло-желтого до ярко-оранжевого цвета.

Шафран двухцветковый очень декоративное раннецветущее растение, и может быть использован для выращивания в садах и парках. Рыльца, как и у представителей некоторых других видов этого рода, содержат до 50% красящих веществ и используются для получения желтой и красной красок.

Название происходит от греческого слова kroke – «нить» (высушенные рыльца растений похожи на нити). К. Линней же указывал, что заимствовал название этого рода из ученой поэзии древних, связывающих это имя с юношей Кроком, случайно погибшем при состязании в метании диска от руки Гермеса, и из крови которого вырос этот цветок. Русское название рода происходит от арабского sepheran, что означает «быть желтым», по использованию растения для получения краски. Например, одеяния буддийских монахов издавна обязаны своими желто-красными тонами именно шафрану.

Вид занесен в Красную книгу Российской Федерации в связи с нарушением эктопов, а также массовом сборе на букеты, что действительно печально, так как эти нежнейшие цветки завянут уже через несколько минут и будут выброшены поблизости места преступления.